MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Candidatus Rickettsia amblyommii str. GAT-30V plasmid pMCE_3

Total Repeats: 419

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017021	ATC	2	6	129	134	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327285
2	NC_017021	CAA	3	9	154	162	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383327285
3	NC_017021	GAA	2	6	165	170	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383327285
4	NC_017021	AGC	2	6	223	228	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383327285
5	NC_017021	GCAA	2	8	230	237	50 %	0 %	25 %	25 %	383327285
6	NC_017021	AAC	2	6	245	250	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383327285
7	NC_017021	TA	3	6	281	286	50 %	50 %	0 %	0 %	383327285
8	NC_017021	CAA	2	6	314	319	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383327285
9	NC_017021	TGG	2	6	336	341	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	383327285
10	NC_017021	AG	3	6	385	390	50 %	0 %	50 %	0 %	383327285
11	NC_017021	AG	3	6	399	404	50 %	0 %	50 %	0 %	383327285
12	NC_017021	GGA	2	6	414	419	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	383327286
13	NC_017021	AGA	2	6	429	434	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383327286
14	NC_017021	TA	3	6	438	443	50 %	50 %	0 %	0 %	383327286
15	NC_017021	TCA	2	6	461	466	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327286
16	NC_017021	AGT	2	6	481	486	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383327286
17	NC_017021	ACA	2	6	556	561	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383327286
18	NC_017021	AAGC	2	8	652	659	50 %	0 %	25 %	25 %	383327286
19	NC_017021	GAA	2	6	664	669	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383327286
20	NC_017021	AGA	2	6	702	707	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383327286
21	NC_017021	TAG	2	6	717	722	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383327286
22	NC_017021	CAA	2	6	777	782	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383327286
23	NC_017021	GCA	3	9	791	799	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383327286
24	NC_017021	AGA	2	6	810	815	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383327286
25	NC_017021	ACAG	2	8	856	863	50 %	0 %	25 %	25 %	383327286
26	NC_017021	AGC	2	6	889	894	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383327286
27	NC_017021	GCC	2	6	939	944	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	383327286
28	NC_017021	AGC	2	6	984	989	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383327286
29	NC_017021	ACT	2	6	1054	1059	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327286
30	NC_017021	AG	3	6	1065	1070	50 %	0 %	50 %	0 %	383327286
31	NC_017021	TGA	2	6	1083	1088	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383327286
32	NC_017021	AGA	2	6	1101	1106	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383327286
33	NC_017021	CCA	2	6	1148	1153	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	383327286
34	NC_017021	GAG	2	6	1160	1165	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	383327286
35	NC_017021	GCT	2	6	1484	1489	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383327287
36	NC_017021	TGTT	2	8	1512	1519	0 %	75 %	25 %	0 %	383327287
37	NC_017021	CTG	2	6	1533	1538	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383327287
38	NC_017021	TGA	2	6	1552	1557	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383327287
39	NC_017021	A	6	6	1575	1580	100 %	0 %	0 %	0 %	383327287
40	NC_017021	AGT	2	6	1601	1606	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383327287
41	NC_017021	AGT	2	6	1619	1624	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383327287
42	NC_017021	CAA	2	6	1625	1630	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383327287
43	NC_017021	TAG	2	6	1657	1662	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383327287
44	NC_017021	GGAG	2	8	1673	1680	25 %	0 %	75 %	0 %	383327287
45	NC_017021	AGT	2	6	1745	1750	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383327287
46	NC_017021	TA	3	6	1826	1831	50 %	50 %	0 %	0 %	383327287
47	NC_017021	CAG	2	6	1890	1895	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383327287
48	NC_017021	A	6	6	1910	1915	100 %	0 %	0 %	0 %	383327287
49	NC_017021	GA	3	6	1930	1935	50 %	0 %	50 %	0 %	383327287
50	NC_017021	AAG	2	6	2013	2018	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383327287
51	NC_017021	TAAC	2	8	2085	2092	50 %	25 %	0 %	25 %	383327287
52	NC_017021	AAT	2	6	2197	2202	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383327287
53	NC_017021	AG	3	6	2233	2238	50 %	0 %	50 %	0 %	383327287
54	NC_017021	GCA	2	6	2247	2252	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383327287
55	NC_017021	CCAT	2	8	2263	2270	25 %	25 %	0 %	50 %	383327287
56	NC_017021	ATA	2	6	2716	2721	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383327288
57	NC_017021	ATAG	2	8	2733	2740	50 %	25 %	25 %	0 %	383327288
58	NC_017021	A	6	6	2763	2768	100 %	0 %	0 %	0 %	383327288
59	NC_017021	TCT	2	6	2775	2780	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383327288
60	NC_017021	CAG	2	6	2784	2789	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383327288
61	NC_017021	TTCT	2	8	2825	2832	0 %	75 %	0 %	25 %	383327288
62	NC_017021	TGA	2	6	2861	2866	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383327288
63	NC_017021	ATG	2	6	2883	2888	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383327288
64	NC_017021	A	6	6	2912	2917	100 %	0 %	0 %	0 %	383327288
65	NC_017021	A	7	7	2933	2939	100 %	0 %	0 %	0 %	383327288
66	NC_017021	CCA	2	6	3190	3195	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	383327289
67	NC_017021	TGC	2	6	3222	3227	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383327289
68	NC_017021	ATA	2	6	3241	3246	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383327289
69	NC_017021	CAG	2	6	3406	3411	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383327290
70	NC_017021	ATG	2	6	3431	3436	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383327290
71	NC_017021	AAC	2	6	3443	3448	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383327290
72	NC_017021	TAAT	2	8	3542	3549	50 %	50 %	0 %	0 %	383327290
73	NC_017021	ATG	2	6	3600	3605	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383327290
74	NC_017021	TGC	2	6	3631	3636	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383327291
75	NC_017021	A	7	7	3639	3645	100 %	0 %	0 %	0 %	383327291
76	NC_017021	A	6	6	3696	3701	100 %	0 %	0 %	0 %	383327291
77	NC_017021	AAG	2	6	3705	3710	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383327291
78	NC_017021	TAT	2	6	3993	3998	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327292
79	NC_017021	AGG	2	6	4015	4020	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	383327292
80	NC_017021	TACAA	2	10	4084	4093	60 %	20 %	0 %	20 %	383327292
81	NC_017021	TGTGA	2	10	4097	4106	20 %	40 %	40 %	0 %	383327292
82	NC_017021	A	6	6	4146	4151	100 %	0 %	0 %	0 %	383327292
83	NC_017021	AAGA	2	8	4156	4163	75 %	0 %	25 %	0 %	383327292
84	NC_017021	TGAT	2	8	4230	4237	25 %	50 %	25 %	0 %	383327293
85	NC_017021	AG	3	6	4247	4252	50 %	0 %	50 %	0 %	383327293
86	NC_017021	ATT	2	6	4286	4291	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327293
87	NC_017021	TTG	2	6	4349	4354	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	383327293
88	NC_017021	CTT	3	9	4360	4368	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383327293
89	NC_017021	AGCTA	2	10	4379	4388	40 %	20 %	20 %	20 %	383327293
90	NC_017021	T	6	6	4435	4440	0 %	100 %	0 %	0 %	383327293
91	NC_017021	TC	4	8	4575	4582	0 %	50 %	0 %	50 %	383327293
92	NC_017021	GAA	2	6	4598	4603	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383327293
93	NC_017021	T	6	6	4625	4630	0 %	100 %	0 %	0 %	383327293
94	NC_017021	TCA	2	6	4641	4646	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327293
95	NC_017021	TGA	2	6	4671	4676	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383327293
96	NC_017021	AT	3	6	4842	4847	50 %	50 %	0 %	0 %	383327293
97	NC_017021	ATC	2	6	4919	4924	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327293
98	NC_017021	CAA	2	6	4978	4983	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383327293
99	NC_017021	CTTT	2	8	4986	4993	0 %	75 %	0 %	25 %	383327293
100	NC_017021	CAT	2	6	5104	5109	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327293
101	NC_017021	ATT	2	6	5132	5137	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327293
102	NC_017021	TGT	2	6	5157	5162	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	383327293
103	NC_017021	ATT	2	6	5165	5170	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327293
104	NC_017021	TTC	2	6	5174	5179	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383327293
105	NC_017021	T	7	7	6522	6528	0 %	100 %	0 %	0 %	383327294
106	NC_017021	CAG	2	6	6586	6591	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383327294
107	NC_017021	TGC	3	9	6592	6600	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383327294
108	NC_017021	TTGT	2	8	6611	6618	0 %	75 %	25 %	0 %	383327294
109	NC_017021	TAT	2	6	6723	6728	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327295
110	NC_017021	CTC	2	6	6745	6750	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	383327295
111	NC_017021	AAAG	2	8	6803	6810	75 %	0 %	25 %	0 %	383327295
112	NC_017021	CCT	2	6	6880	6885	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	383327295
113	NC_017021	GCT	2	6	6907	6912	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383327295
114	NC_017021	AGC	2	6	7028	7033	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383327296
115	NC_017021	ATCT	2	8	7087	7094	25 %	50 %	0 %	25 %	383327296
116	NC_017021	GTA	2	6	7114	7119	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383327296
117	NC_017021	CAA	2	6	7162	7167	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383327296
118	NC_017021	TTTGT	2	10	7191	7200	0 %	80 %	20 %	0 %	383327296
119	NC_017021	TAA	2	6	7213	7218	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383327296
120	NC_017021	TCA	2	6	7242	7247	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327296
121	NC_017021	ATT	2	6	7260	7265	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327296
122	NC_017021	TGC	2	6	7361	7366	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383327297
123	NC_017021	CTG	2	6	7369	7374	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383327297
124	NC_017021	CTA	2	6	7387	7392	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327297
125	NC_017021	TGC	3	9	7405	7413	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383327297
126	NC_017021	C	6	6	7577	7582	0 %	0 %	0 %	100 %	383327298
127	NC_017021	GTA	2	6	7595	7600	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383327298
128	NC_017021	TAT	2	6	7617	7622	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327298
129	NC_017021	GCA	2	6	7626	7631	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383327298
130	NC_017021	TGCT	2	8	7643	7650	0 %	50 %	25 %	25 %	383327298
131	NC_017021	TGCT	2	8	7720	7727	0 %	50 %	25 %	25 %	383327298
132	NC_017021	TTA	2	6	7742	7747	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327298
133	NC_017021	ACT	2	6	7780	7785	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327298
134	NC_017021	CTAA	2	8	7841	7848	50 %	25 %	0 %	25 %	383327298
135	NC_017021	CTA	2	6	7892	7897	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327298
136	NC_017021	TGA	2	6	8287	8292	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383327299
137	NC_017021	AAG	3	9	8319	8327	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383327299
138	NC_017021	ATT	2	6	8357	8362	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327299
139	NC_017021	TGC	2	6	8371	8376	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383327299
140	NC_017021	T	6	6	8390	8395	0 %	100 %	0 %	0 %	383327299
141	NC_017021	ATTG	2	8	8450	8457	25 %	50 %	25 %	0 %	383327299
142	NC_017021	A	6	6	8466	8471	100 %	0 %	0 %	0 %	383327299
143	NC_017021	AAC	2	6	8592	8597	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383327299
144	NC_017021	TTA	2	6	8616	8621	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327299
145	NC_017021	A	6	6	8653	8658	100 %	0 %	0 %	0 %	383327299
146	NC_017021	GAT	2	6	8733	8738	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383327299
147	NC_017021	A	6	6	9023	9028	100 %	0 %	0 %	0 %	383327300
148	NC_017021	ATT	2	6	9031	9036	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327300
149	NC_017021	TAT	2	6	9045	9050	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327300
150	NC_017021	TAA	2	6	9109	9114	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383327300
151	NC_017021	A	7	7	9122	9128	100 %	0 %	0 %	0 %	383327300
152	NC_017021	TCC	3	9	9142	9150	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	383327300
153	NC_017021	AGTA	2	8	9202	9209	50 %	25 %	25 %	0 %	383327300
154	NC_017021	CAT	2	6	9248	9253	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327300
155	NC_017021	TATGA	2	10	9283	9292	40 %	40 %	20 %	0 %	383327300
156	NC_017021	CA	3	6	9363	9368	50 %	0 %	0 %	50 %	383327301
157	NC_017021	CAG	2	6	9424	9429	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383327301
158	NC_017021	TAAA	2	8	9482	9489	75 %	25 %	0 %	0 %	383327301
159	NC_017021	GTAT	2	8	9959	9966	25 %	50 %	25 %	0 %	383327302
160	NC_017021	TA	3	6	9969	9974	50 %	50 %	0 %	0 %	383327302
161	NC_017021	ACA	2	6	9975	9980	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383327302
162	NC_017021	ATA	2	6	10062	10067	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383327302
163	NC_017021	TAC	2	6	10127	10132	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327302
164	NC_017021	AAT	2	6	10136	10141	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383327302
165	NC_017021	AT	3	6	10140	10145	50 %	50 %	0 %	0 %	383327302
166	NC_017021	GAT	2	6	10148	10153	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383327302
167	NC_017021	TATC	2	8	10158	10165	25 %	50 %	0 %	25 %	383327302
168	NC_017021	TTA	2	6	10194	10199	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327302
169	NC_017021	TAA	2	6	10276	10281	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383327302
170	NC_017021	ATT	2	6	10282	10287	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327302
171	NC_017021	ATA	2	6	10311	10316	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383327302
172	NC_017021	GAT	2	6	10331	10336	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383327302
173	NC_017021	TGT	2	6	10360	10365	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	383327302
174	NC_017021	ATA	2	6	10392	10397	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383327302
175	NC_017021	TTC	2	6	10399	10404	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383327302
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177	NC_017021	ACA	2	6	10599	10604	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383327303
178	NC_017021	CA	3	6	10606	10611	50 %	0 %	0 %	50 %	383327303
179	NC_017021	TGA	2	6	10629	10634	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383327303
180	NC_017021	TAA	2	6	10641	10646	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383327303
181	NC_017021	CTT	2	6	10647	10652	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383327303
182	NC_017021	CTT	2	6	10664	10669	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383327303
183	NC_017021	ATC	2	6	10742	10747	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327303
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187	NC_017021	A	6	6	10846	10851	100 %	0 %	0 %	0 %	383327303
188	NC_017021	GCTC	2	8	10894	10901	0 %	25 %	25 %	50 %	383327303
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190	NC_017021	A	6	6	10981	10986	100 %	0 %	0 %	0 %	383327303
191	NC_017021	ATA	2	6	11019	11024	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383327303
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202	NC_017021	TCTA	2	8	11478	11485	25 %	50 %	0 %	25 %	383327304
203	NC_017021	TAC	2	6	11489	11494	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327304
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207	NC_017021	ATA	2	6	11917	11922	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383327305
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213	NC_017021	AT	3	6	12027	12032	50 %	50 %	0 %	0 %	383327305
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215	NC_017021	CCA	2	6	12129	12134	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	383327305
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220	NC_017021	GCT	2	6	12274	12279	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383327305
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222	NC_017021	TAT	2	6	12293	12298	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327305
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229	NC_017021	TTA	2	6	12795	12800	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327305
230	NC_017021	ATT	2	6	12815	12820	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327305
231	NC_017021	TA	3	6	12856	12861	50 %	50 %	0 %	0 %	383327305
232	NC_017021	TTA	2	6	12873	12878	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327305
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237	NC_017021	TTAA	2	8	13113	13120	50 %	50 %	0 %	0 %	383327305
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239	NC_017021	TAGG	2	8	13204	13211	25 %	25 %	50 %	0 %	383327305
240	NC_017021	GCT	2	6	13233	13238	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383327305
241	NC_017021	TAT	2	6	13249	13254	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327305
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244	NC_017021	TAC	2	6	13375	13380	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327306
245	NC_017021	TCT	2	6	13395	13400	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383327306
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247	NC_017021	ATA	2	6	13438	13443	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383327306
248	NC_017021	TGT	2	6	13452	13457	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	383327306
249	NC_017021	ATG	2	6	13489	13494	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383327306
250	NC_017021	CCT	2	6	13543	13548	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	383327306
251	NC_017021	ATTT	2	8	13552	13559	25 %	75 %	0 %	0 %	383327306
252	NC_017021	CAT	2	6	13573	13578	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327306
253	NC_017021	TTG	2	6	13598	13603	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	383327306
254	NC_017021	ATT	2	6	13632	13637	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327306
255	NC_017021	CTA	2	6	13642	13647	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327306
256	NC_017021	AT	3	6	13652	13657	50 %	50 %	0 %	0 %	383327306
257	NC_017021	CT	3	6	13680	13685	0 %	50 %	0 %	50 %	383327306
258	NC_017021	TATT	2	8	13749	13756	25 %	75 %	0 %	0 %	383327306
259	NC_017021	CAT	2	6	13813	13818	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327306
260	NC_017021	CTT	2	6	13858	13863	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383327306
261	NC_017021	ATA	3	9	13875	13883	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383327306
262	NC_017021	TTC	2	6	14087	14092	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383327307
263	NC_017021	TAC	2	6	14107	14112	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327307
264	NC_017021	GTT	2	6	14547	14552	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	383327308
265	NC_017021	CA	3	6	14589	14594	50 %	0 %	0 %	50 %	383327308
266	NC_017021	T	7	7	14648	14654	0 %	100 %	0 %	0 %	383327308
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393	NC_017021	TCC	2	6	21557	21562	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	383327318
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.